公益團體募款時，自捐款中扣掉的行政與庶務費用，有些民眾質疑是「抽成」。內政部說，這是考量公益團體舉辦勸募時，會產生一些必要的支出與成本，如寄發捐款收據、志工餐點費等。紅十字會、慈濟、世界展望會與聯合勸募協會皆表示，歷次的募款成本皆遠低於法定上限。

《公益勸募條例》定有勸募團體募款時的必要支出，可自捐款中支應，但有上限。例如，勸募活動所得超過一億元，依法可支應的募款成本，為八百七十萬元加超過一億元部分的百分之一。

內政部次長曾中明表示，這是考量公益團體發起勸募，諸如舉辦募款活動、寄發捐款收據、志工的便當費、溝通聯繫等，會需要費用。紅十字會舉例，汶川震災募得十六億，法定允許支用的募款成本為二千三百多萬，紅會實際支用四百零七萬；慈濟基金會以莫拉克風災為例，募得近四十六億，募款成本五百多萬元，比例占○.一二％；世界展望會對日賑災第一階段募款結束，共募得三億五千萬元，募款成本估七百萬元，以及聯合勸募協會日本賑災已募到超過五千萬元，預估募款成本六十萬元，也低於法定上限。

但有立委認為，善款扣掉募款成本後，不是全數到達災區，社會觀感不佳。紅十字總會副秘書長謝昭隆表示，若各界認為有必要檢討，內政部可邀集民間團體討論，紅十字會會配合，並依法行事。