旗山堤防部分區段於八八水災中遭沖毀，經濟部水利署除進行旗山溪疏濬淤積土石外，也辦理堤防復建工程，防止二次災害發生。旗山堤防因仍負有防洪功能，高雄縣政府已撤銷文化資產項列。

水利署第七河川局表示，旗山堤防興建於日據時代昭和7年，就地取材於土堤表層以卵石堆砌抗洪，此次因莫拉克颱風挾帶超大雨量，造成洪水溢頂淹浸旗山地區，堤防也因受損潰堤三處約250公尺。原堤防有滲水現象，內部土石鬆動，未來仍有潰堤之虞。

七河局以尊重地方對砌石文化資產維護精神為復建原則，除於堤身加固防漏，加強基腳施設保護措施，整體外觀應地方要求以乾砌塊石工法修復，也多次在地方舉辦說明會，除受地方耆老指導修正，得到大多數居民認同才動工。

七河局指出，乾砌卵石須以人工逐顆堆砌，由於費時耗工，年輕人學習意願較低，傳承不易。全台乾砌石工人材多老邁凋零，施工廠商遠從大甲、箕湖地區僱請老師傅進行乾砌卵石作業，並邀請旗山曾參與當時堤防興建的耆老阿財伯於現場指導，以求與原旗山堤防型式相近。目前堤防已達計畫防洪高度，具備防洪功能。

七河局強調，堤防工程以防洪安全為前提，期望於今年汛期能提供旗山地區民眾生命安全保障，相信近期工程完工後應可符合大多數旗山民眾期待。