88水災重創台灣，故宮南院也遭秧。行政院長吳敦義29日在立法院答詢時表示，「故宮南院沒有理由不續建」，他會請行政院秘書長林中森協調各部會，做好防洪措施。

故宮博物院院長周功鑫答詢國民黨籍立委翁重鈞時表示，故宮南院基礎建設、整地工程已接近完成，建築部分原本要繼續施工，但遇到88水災，為顧及文物及人員安全，可能需要重新檢討未來如何把建設做得更好。

她指出，為了保護文物，未來將會加高園區防洪土堤高度、增設監測器，同時在新埤大排和朴子溪的交流處提高250公尺的土堤，改善新埤排水系統，裝設大水閘，也會在故宮南院西側興建排水溝，今年底左右會陸續完工。

周功鑫表示，故宮南院文物徵集、人才培訓工作、展覽規劃一直在持續進行中。

吳敦義也表示，故宮南院沒有理由不續建，為了讓故宮南院在最安全的情況下開館，他會請林中森協調各部會，務必做好故宮南院的防洪措施。