莫拉克颱風後，中南部河川因上游地質脆弱，降雨量破紀錄造成中上游河段淤積嚴重，部分河段淤深甚達20、30公尺，水利署副署長吳約西表示，水利署非常重視此一問題，在汛期未結束前（5-11月）為避免二次災害發生，除瓶頸急要河段緊急辦理河道疏通作業外，並針對高屏溪等11條河川水系淤積情形，業於重建預算內編列經費60億元，即已展開疏濬工作。並以影響公共設施、部落居住安全及無主深槽等河段優先展開疏濬作業。

吳約西表示，因八八水災過後山區道路崎嶇，清疏不易，亟需各方協力共同參與。經濟部於98年9月9日召開研商中央管河川淤積土石疏濬推動工作檢討會議，邀災區嘉義、台南、高雄、屏東及台東等五縣政府研商共同參與疏濬。由河川局儘速與縣府協商確認參與疏濬河段，急要河段疏濬涉私地部分，請縣府協助取得先行同意使用，河川局施設之河床便道提供縣府共同使用，必要時請縣府協調同意使用一般道路運輸系統，並確認加速疏濬作業簡化相關作業程序，盼地方協力共同疏濬，尤其高雄縣府今年5月執行中之新開段，該署亦盼高雄縣府能儘快恢復展開疏濬。

吳約西強調，高屏溪水系災情較重，規劃辦理約41公里疏通作業，也已完成117萬立方公尺疏通量。疏濬部分則積極展開近46件疏濬作業，規劃疏濬量逾2,400萬方公尺，並持續檢討增辦，目前已有16件施工中，其中包括大樹鄉高屏溪攔河堰至斜張橋段，該署第七河川局已發包20萬立方公尺緊急疏濬，另該河段於98年至99年度將辦理疏濬量約300萬立方公尺。其餘疏濬作業也將於10月間陸續開工，對於執行進度的掌握也會定期控管，並不定期召開會議檢討落後原因及協助各所屬河川局因應解決困難問題，將可依限完成疏濬及復建作業，該署將全力加速疏濬預計於99年5月汛期以完成急要段2,000萬立方公尺的土石疏濬趕辦目標將可達成，其餘則至100年底前完成，以確保河防安全。