行政院長吳敦義26日下午分別抵達高雄縣旗山旗尾農田、屏東縣高樹鄉鹽豐村及新豐村農田，視察高屏地區在莫拉克風災後農田漂流木清理復原情形，同時視察高雄縣大社鄉中圳橋堤防。屏東縣政府提供了大峽谷當地約3公頃、深12公尺的土坑，作為漂流木的堆置場，吳院長十分重視災後標流木的清理，在視察時指示林務局，必須想盡一切方法，儘快清理農田漂流木，讓農民能儘快恢復耕作，如因農地流失或受損，一、二年間農民將無法耕作，院長指示農委會對農地提出休耕補償。

據農委會在視察中簡報表示，旗山、林邊等地漂流木的清理工作，預定將在11月30日清理完成。旗尾地區有高達19萬5千公噸的漂流木，預計全部也將在11月30日清理完成。屏東縣高樹鄉原約2萬6千公噸漂流木，目前清理僅剩約4403公噸，預定在11月10日可以全部清理完畢。

吳院長在視察旗山時，對於地方反映政府對林邊地區提供災民防水閘門設施全額補助，而旗山則僅補助一半，院長隨即指示陪同視察的高雄縣長楊秋興，請縣府調查瞭解旗山設防水閘門的需求情形，將比照林邊全額補助。

針對高屏地區農民反映希望政府對於災區農作肥料予以補助，吳院長表示，將請政府相關單位洽台肥公司，酌情給予農民相當程度的肥料補貼。

有關災後農地流失必須進行農地重劃，吳院長特別指示屏東縣政府將農地重劃列入災後重建工作，而農民可能負擔的重劃費用如排水溝、農路、水路等，將由中央與縣政府共同補助，儘速幫助農民復耕。

對於屏東縣高樹鄉新豐村民反映農田沒有灌溉水，吳院長指示農委會儘快於下週一與屏東縣政府及農田水利會協商，規劃闢建灌溉水路，水路所經私有地，將由農委會出面承租一年。

吳院長26日在行政院秘書長林中森、農委會主委陳武雄、林務局長林仁德等陪同下視察高屏地區，高雄縣長楊秋興、屏東縣長曹啟鴻亦分別隨行視察。