行政院長吳敦義在(3)日清晨發布芭瑪颱風海上警報後，即南下至88水災受創最嚴重的高屏地區，首站抵達屏東縣消防局災害應變中心，瞭解縣政府因應芭瑪颱風防颱工作準備情形。

吳院長表示，此次為因應芭瑪颱風來襲，馬總統已指示行政院暨相關部會首長至各縣市訪視防颱準備工作。吳院長在屏東縣消防局災害應變中心致詞時表示，中央一定會全力支持各縣市政府的防災救災工作，在國軍積極動員協助之下，政府防災工作已大體就緒，各縣市政府已派有中校級以上及鄉鎮市派有少校級軍官進駐，村里也有後備軍人幹部進駐，全國軍營昨晚已完成4萬個床位的收容準備工作隨時待命；在經費調度上，主計處也已完成規劃，即時調撥給有需要應急的地方政府。吳院長說，根據預估資料，芭瑪颱風可能為全台灣各地帶來豪大雨量，大家不可掉以輕心，尤其是上次88水災淹水嚴重的屏東縣佳冬鄉與林邊鄉，經濟部水利署已備妥林邊溪沿岸防洪抽水所需的物資和機具，並完成24小時監視系統，只要人員動員和機具進駐確實做到，就可將災害減到最低。

至於撤離標準，吳院長表示，為記取88水災的教訓和彌補原標準作業的缺失，中央災害應變中心此次將彙整分析交通部中央氣象局、經濟部水利署、農委會水土保持局和林務局等單位的預測及監測資料再發布警戒，無論是中央或地方政府的撤離判定都同等重要，如中央發布紅色警戒而必須撤離，地方政府應確實執行；如地方政府認定已達撤離標準，中央也會尊重並給予支持和協助。

屏東縣政府這次特別派員加強屏東地區主要5座聯外橋樑，如：高美大橋、里嶺大橋、高屏大橋、萬大大橋及縣鄉道重要橋樑水位警戒，依封橋標準作業程序切實辦理，加強監視，以確保人車安全，避免雙園大橋斷橋事件重演。另外，國軍298旅也在屏東地區8個營區完成災民臨時安置所的設置，屆時可收容3600位民眾。吳院長對此表示，國軍的預置兵力及協助投入，將可安定民心，只要大家同心協力、同舟共濟，軍民一體、內外合作，就可降低災損。

吳院長緊接著到林邊溪，現地巡視河堤修復狀況，並檢視羌園抽水站的運作情形，慰問第一線工作人員的辛勞。針對屏東縣長曹啟鴻所提建言，吳院長回應表示，開放北二高做為颱風侵襲期間臨時停車場一事，應是最後逼不得已的措施，畢竟不能影響高速公路運輸、救災的功能，但適時開放交流道且不影響交通動線，則是可以考慮的措施。至於地方人士要求停止修復林邊溪舊台鐵橋，避免施工妨礙河道水流暢通再度造成水患的建議，因考量環島鐵路網的完整及東部民眾的交通需求，此問題再請交通部研議，如有必要，至少在10月底汛期結束前舊台鐵橋的修復工程可暫時停工。另外，對於私人河道高灘地的徵收與補償，是全國性的問題，將請相關單位研議、評估，尋求合理的解決之道。