國內H1N1新型流感疫苗1日在6個縣市的14個莫拉克風災災民收容中心開打，一天下來共有884人接種，相較今年十月一日季節流感開打首日僅有46人接受接種，顯示民眾對於H1N1新型流感疫苗接種更為踴躍；其他8個災民收容中心也將會陸續開打。

1日接種工作是由縣市衛生局所派遣醫護人員前往各收容中心為災民服務，早上八點起，即有災民陸續接受預防注射，過程十分平順。今天因故未能接種的災民，指揮中心表示，日後仍可優先接種。行政院吳院長與衛生署楊署長早上均至收容中心視察接種工作的進行，並指示衛生單位務必做好此次國內有史以來最大規模的預防接種工作，以保障國人健康。

2日起，將對第一線醫護人員開始接種H1N1新型流感疫苗，11月9日則對嬰兒(6個月未滿1歲)開打，疫苗接種的合約院所名單幾近完成，預計超過500家，各縣市均以衛生所為主，詳細確定的院所名單將於11月2日公布。至於其他接種對象，指揮中心將依優先順序陸續開放接種。指揮中心籲請民眾先了解自己的接種順位及時程，並留意政府所公布的資訊，依序前往接種。

對於衛生局所安排醫護人員於假日前往收容中心，提供災民H1N1新型流感預防注射服務，指揮中心表示感謝。