行政院長吳敦義5日聽取「行政院莫拉克颱風災後重建委員會的工作進度」報告後指示重建會，協調各機關依各地區河川的環境特色儘速建立整合機制，針對整體流域和水、土、林進行全面而完整之規劃，以專案方式推動流域整合管理，以解決目前台灣河川上、中、下游由不同機關管理的困境。

吳院長表示，重建會、高雄縣政府與慈濟規劃於98年11月15日上午舉行永久屋興建動土典禮，對災區重建而言，是一個重要的里程碑，也顯示這段期間各單位的投入，有了初步成果，他指示內政部及相關單位，持續協調取得永久屋之安置用地。

吳院長特別指示由經濟部主政河川河床砂石堆積的問題，並請法務部檢調單位及內政部警政署協助支援，在明年汛期來臨前，務必將河床上可能造成危害的砂石，利用乾季期間清除完畢。院長強調，此項作業應匯集國家中央與地方，以及行政、司法與治安的力量聯合進行，務必確保公平、公開、公正、合法、順利，阻斷一切不正當的介入。