針對行政院長吳敦義依據憲法慣例及責任政治之考量提出內閣總辭，馬總統高度肯定並感謝吳院長自九十八年九月十日任職兩年四個月以來的施政表現、對國家的貢獻，以及他勇於任事的精神與長於說明的特質。

馬總統認為，吳院長上任之初，國家面臨三大挑戰，包括H1N1新型流感疫情威脅、八八水災重建工作以及全球金融海嘯，而行政團隊在吳院長穩健踏實的帶領之下，在新流感防疫、災後重建及經濟復甦等三大任務方面，都交出了具體的成績單。

在新流感防疫方面，疫情爆發後，政府從世界衛生組織獲得病毒株，再製造疫苗，使得18歲以下的少年與兒童接種率達75％，全齡接種率達25％，普及率是世界排名第5位，與美國同級，這是相當不容易做到的成果，也是吳院長與行政團隊實績的具體展現。

在八八水災重建工作方面，經過政府與民間公益團體合作，完成災區重建工程，絕大多數有需要的災民，都進住了寬敞、堅固、明亮的永久屋，行政團隊也兌現了總統「任期內重建小林村」的承諾。總統認為，這樣的成果讓全世界看到另外一項「台灣經驗」，且此經驗仍在發酵中，不但是成功的官民合作典範，政府協助海地震災的災後重建，也採取這個模式，美國前總統柯林頓訪台時，也肯定這項措施。

在經濟復甦方面，總統強調，行政團隊推動了各項重要的財經政策，台灣景氣自九十八年第四季即走出谷底， 九十九年全年更創下經濟成長10.72％的成績，創廿四年以來新高；通貨膨脹維持在1.5％以下，失業率由九十八年八月的最高峰6.13％逐步降低，至去年十二月的4.18％，一百年全年平均失業率也續降至4.39％；在吳院長任內，統計至一百年十二月為止，失業人口減少近20萬人，就業人口增加52萬人以上。總統認為，行政團隊的努力，已具體反映在台灣各項的經濟指標上。

此外，在貧富差距、分配正義的問題上，政府也交出成績，家戶所得五等分位差距倍數從6.34倍降至6.19倍，總統表示這樣的數字雖已比其他先進國家要來得好，在東亞也是最低的國家之一，但我們絕不會以此自滿，還要更加努力，在接下來的日子當中持續降低貧富差距。

馬總統認為，吳院長所領導的行政團隊，在上下一致的努力之下，落實推動了具有實效的經濟政策，當經濟成果一一顯現，失業率、貧富差距等問題也會相應的有所改善。除此之外，舉凡社會救助法大幅修正、貧窮線上修，增加了近60萬人受惠；迅速處理塑化劑風暴、通過居住正義五法案、開徵奢侈稅等等措施，也都看得見行政團隊努力的成績。總統對吳院長及行政團隊過去二年多來的付出表示全心全意的誠摯感謝，也期許未來吳院長在新的崗位上，持續為國家及人民服務奉獻。

行政院於今日提出總辭，總統決定任命現任行政院副院長陳冲為新任行政院長，已獲陳副院長本人首肯，全力以赴。馬總統認為，行政團隊中，副院長陳冲以其財經、法律專業，以及民間和政府的歷練，穩健推動各項政策，與吳院長合作無間，使政府與人民得以成功因應金融海嘯，且有推動兩岸金融MOU簽署、開放陸銀來台、穩定台股等實績，相信未來定能持續發揮長才，憑藉專業、能力與經驗，妥善面對歐債風暴可能帶來的經濟衰退。