立法院院會10日三讀通過1164億莫拉克颱風災後重建特別預算，協助災區儘速復建，並決議行政院應依據家園重建流程，先行與災民諮商後，依其需要提供適當中繼居所或永久屋。

重建特別預算原列歲入為無列數，協商同意增列漂流木售價收入新台幣2872萬元；歲出原列1200億元，協商後減列35億2047萬9000元，改列1164億7952萬1000元，全數舉債支應，不受相關法令舉債額度限制。

八八水災造成中、南及東部地區嚴重災情，立法院8月召開臨時會通過重建特別條例，上午依條例三讀通過重建特別預算。

衛生署在特別預算編列「預防傳染病流行防疫計畫」67億元，目的是購入H1N1新流感疫苗，但民主進步黨立法院黨團認為應列年度預算中，不應排擠災區重建預算；經協商，朝野黨團同意減列10億元。

與此相關，民進黨團認為特別預算中可能出現重複編列情況，院會通過民進黨團提案，「各機關如有重複編列情形，原編於總預算或其他特別預算之經費不得支用」；「如違反本決議，對相關復建工程重複補助或施作，應移送監察院調查」。

有關水土保持局過去10年治山防災成效，民進黨團提案指出，水保局10年來在全台所施作治山防災工程高達1萬6465件，總經費共計480億973萬元，所費不貲，請水保局檢討過去10年來重複施作工程問題，並提出相關報告，獲院會決議通過。

院會決議，地方政府辦理野溪清疏，免徵採取土石使用費；考量地方財政困難，已支應重建經費，建請納入重建預算相關計畫補助。

院會還決議，重建相關工作應彙總公布網站，且各項工程完工後仍持續公布5年；經濟部水利署至遲在民國99年汛期前應完成各水庫科學化洩洪預報與警報系統；農委會應加強查緝山林盜伐，並應每半年向立法院經濟委員會提出專案報告。

院會也通過附帶決議，建請政府積極研擬架設改良倍力橋，於最短時間完成道路橋梁搶通重建事宜；重建委員會應貫徹「離鄉不離村、離村不離鄉」原則，助災民於原居住地區經鑑定之安全地點興建永久屋。