全國治水會議在國人殷殷期許下，在11日一天內完成開閉幕，總統馬英九親臨致詞，閣揆吳敦義並從頭到尾專注聆聽，各相關部會首長也全部到位全程相挺，到底各方建言之可行性及如何才能永續台灣有一個安全的未來，大家皆在注目。

水利署表示，全國治水會議會將各方之建言予以整合，為台灣的山河把脈，並為落實執行提出可行之政策，會中也決議99年亦投入774億元水土林之治理，同時全台重要河川也一併納入，並針對八八水災受創嚴重之台南、高雄、屏東等縣市，也將提報「曾文溪整治計畫」與「高屏溪流域整治計畫」呈報行政院核定後辦理。

對於莫拉克颱風重創南台灣，造成高屏溪水系流域上、中、下游依據農委會初步推估淤積量可能高達1億萬立方公尺以上，水利署也表示，99年6月底前全國預計疏濬至少6,500萬立方公尺，包括河川局完成2500萬立方公尺、農委會水保局完成集水區1000萬立方公尺、水利署結合電力公司與農田水利會完成水庫與攔河堰1000萬立方公尺、各縣市政府完成2000萬立方公尺，該署也會儘速提出加速「河川、野溪及水庫疏濬方案」，由中央各部會及地方政府協力加速疏濬工作，將盡最大努力，完成全國因88水災造成大量淤積的中央管河川11條水系之疏濬作業。

水利署也同時對於閣揆吳敦義之指示比照國防白皮書，針對地震、洪水、颱風、土砂災害、Ｈ1N1等，每年公布白皮書，研擬並每年公布「防災治水白皮書」，並基於風險管理就各種可能發生之災害因應對策，並強化宣導及預警、避難作業及保全機制，並以尊重及順應自然為出發點，進行流域綜合治水，水利署也鄭重強調，全國治水會議之結束，是另一任務付予之開紿絕無假期。