行政院長吳敦義6日赴立法院報告99年度中央政府總預算案指出，歲入為新台幣1兆5520億元，歲出減列48億元，改列1兆7350億元，其中以治山防洪等項目為編製重點。

吳敦義表示，總預算案經重編，歲入仍維持原列 1兆5520億元，較98年度預算數減少1212億元；歲出由原列1兆7398億元，減列48億元，改列1兆7350億元，較98年度預算減少747億元。歲入歲出相抵差短1830億元，連同債務還本660億元，共需融資調度數2490億元，全數以舉債彌平。

災後重建、治山防洪是總預算案編製的首要重點。吳敦義指出，99年度中央政府總預算案及特別預算案編列治山防洪相關經費 845億元，較98年度增加96億元，成長 12.8%，希望能減少水患災害發生，保障人民生命安全。

強化防疫量能也是總預算案編製重點。吳敦義表示，為強化防疫能量，98年度已動支第二預備金17億元採購疫苗、抗病毒藥物及防疫物資等儲備工作；99年度也編列相關經費16.3億元，連同莫拉克颱風災後重建特別預算案編列67.1億元，共計 100.4億元，積極做好準備，將這波疫情可能帶來的傷害降到最低。

在產業發展上，行政院將持續推動6大新興產業，振興經濟發展。吳敦義指出，99年度共編列 375億元，包括台灣生技起飛鑽石行動方案42億元、綠色能源產業旭升方案73億元、觀光拔尖領航方案78億元、健康照護升值白金方案90億元、精緻農業健康卓越方案55億元，以及文化創意產業發展方案37億元。

此外，照顧弱勢，建構社會安全體系也是總預算案重點。吳敦義表示，政府將強化就業保險機制、提升衛生醫療品質、改善全民健保經營體質、推動國民年金及勞保年金、規劃長期照護保險制度，提供國人更健康的生活環境；99年度社會福利支出編列3258億元，較98年度增加10億元，成長0.3%。