中央災害應變中心今（17）日表示，16日總計救出673人，運送3萬噸物資進入災區。現階段任務是讓災民脫離災區，至本日為止，各地收容所已收容6千餘人。另從本日開始，大批國軍部隊及醫護人員將前進災區，協助大體清運與環境消毒；內政部戶政相關單位同仁也已全力動員，協助地方政府處理死亡與失蹤者身分認定和戶籍問題。

下一階段任務則以安置重建為主，涉及內政部民政司、社會司與營建署業務，已責成該部成立災害復原重建專案小組，將與行政院災後重建委員會的工作銜接，並成為日後中央災害應變中心與重建委員會間的重要的橋樑。

中國大陸贈送組合屋部分，已請紅十字會協助，目前已有台東縣政府提需求153戶，其他縣市需求量也正由紅十字會洽縣市政府調查中，其運輸由紅十字會與各地縣政府處理中。第一批14個40呎貨櫃的組合屋，將於本日下午抵達高雄港70號碼頭。

漁港遭漂流木阻塞航道問題，經農委會、環保署相關單位緊急處理完畢，包括台東富崗漁港、屏東鹽埔漁港及高雄蚵仔寮漁港等。

至於有災民指控小林村遭土石流掩埋係導因於曾文水庫越域引水工程計劃，水利署陳署長伸賢提出以下澄清與說明：
一、本引水隧道所使用之工法係先在隧道口以鑽掘機具開挖，至1.2公里處才開始使用炸藥，且根據監測數據，震動引起的土石鬆動質點速度，遠低於一般標準值。而洞口距小林村有11公里，產生的震動更小，不可能造成規模如此龐大的土石流。
二、本次莫拉克颱風帶來之大豪雨所引發之大型崩塌與土石流，普遍分布於溪流兩側，隧道口附近並無明顯崩塌現象。
三、本次發生地質災害嚴重之旗山溪和荖濃溪其他地區，其附近並無隧道工程之開挖。