莫拉克風災過後，烏山頭水庫集水區崩塌逾91公頃，嘉南農田水利會接受水利署委託，進行集水區保育治理、水庫設施更新和淤積處理，水庫管理處主任王志誠指出，相關工程進度近7成，預計明年可如期完成。

民國98年8月發生莫拉克風災，南部主要水庫如曾文、南化和烏山頭水庫集水區土石流淤積，影響供水甚鉅，離槽式烏山頭水庫由於操作得宜，淤積量不大，但集水區崩塌地於災後遽增為91公頃。

水利署核定烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水計畫，由嘉南農田水利會執行，相關工程包括烏山頭水庫集水區保育治理、水庫更新改善、淤積處理工程等，從民國100年起，預計至104年完工。

王志誠表示，在集水區保育治理工程部分，包括崩塌地和野溪治理共57處，迄今已整治好自強橋下游野溪、馬斗桶野溪、南勢坑口擋土牆等40多處。