行政院長吳敦義13日表示，行政院會撤回99年度總預算案等預算案，除非有特殊原因，總預算案撤回重新檢討後，很快就會再送請立法院審議。

吳敦義上任後，13日首度主持行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會。他會後於行政院新聞局舉行記者會表示，依莫拉克颱風災後重建特別條例，可編列1200億元特別預算重建，也會從今年度執行預算勻出260餘億元搶修重建。

他說，行政院會撤回「99年度中央政府總預算案暨附屬單位預算及綜計表」、「99年度中央政府振興經濟擴大公共建設特別預算案」及莫拉克颱風災後重建特別預算案，特別是原本已編列的重建推動委員會1億9000餘萬元經費不會再編，改以第二預備金支應，撙節行政費用，每一毛錢都用在刀口上。

吳敦義表示，撤回這些預算，行政院會檢討後再送立法院審議，除非有特殊原因，總預算案撤回重新檢討後，很快就會再送請立法院審議。

立法院11日舉行朝野協商，民進黨立院黨團總召蔡同榮主張，新閣揆有其施政方針，不能百分之百劉（前行政院長劉兆玄）規吳隨，總預算案當然應撤回重編。