政府將太陽光電綠能策略融入莫拉克颱風重建硬體設施及產業轉型，不但減少溫室氣體的排放，也增加重建區居民的經濟收入。

藉由經濟部能源局「莫拉克風災重建太陽光電應用設置補助」方案的推動，行政院莫拉克颱風災後重建會結合民間資源，在南投、嘉義、高雄、屏東、台東等縣市共12處永久屋基地、12所學校及56處汛期易形成孤島等地區，設置80座太陽光電發電系統。

此外，高雄大愛園區、屏東吾拉魯滋及嘉義轆子腳逐鹿等永久屋社區，部分居民已加入陽光屋頂百萬座計畫，提供房舍屋頂租給民間業者設置太陽能發電系統，提升綠色能源比例，增加重建區居民收入。

屏東縣佳冬、林邊地區，災後有不少廢養的養殖池及廢耕的蓮霧園，屏東縣政府積極推動「養水種電」的綠能產業計畫，地主除了租金收入外，還可以代為管理清潔太陽能電板，賺取管理費，計畫面積將近50公頃，總投資金額達新台幣42億元，目前都已順利送電，是全國規模最大的太陽能光電廠。

重建會表示，目前重建區綠能總裝置容量約2萬4031KW，每年總發電量約2849萬度，可減少二氧化碳排放量約3237萬公斤。

重建會表示，南台灣陽光充足，太陽光電系統未來將替南部創造超過100億元以上的產值。