行政院農委會表示，88水災農田埋沒流失達8932公頃，可依「水災公用氣體與油料管線輸電線路災害救助種類及標準」申請流失每公頃救助新台幣10萬元，埋沒每公頃救助5萬元。

農委會指出，風災農田埋沒流失面積總計8932公頃；其中以高雄縣4101公頃、屏東縣2494公頃及嘉義縣1200公頃最嚴重。

為補助受災農戶，農委會強調，農民可依經濟部訂定的上述災害救助規定，向各縣市政府申請農田流失及埋沒的救助。

農委會並說，由於88災害損失嚴重，行政院8月28日已指示，由農委會於重建特別預算編列經費協助各縣市政府，中央擬補助80%，另20%由縣市政府負擔，並請縣市政府加強審核。

有關農田埋沒砂土的清運處理，農委會說，法務部已釐清農田埋沒砂土非屬國有財，土地所有權人（農漁民）及政府均得自行清理及販售，地方政府也可訂定地方自治法規辦理；檢調機關並同意檢舉土石盜採案件，將先向縣（市）政府查證，以建立協商處理平台。

此外，農地埋沒或流失，須辦理農地重劃。農委會說，由於此類地區，經與地方政府聯繫後，目前農民意願及河川堤防線尚未確定，故無法計算需辦理重劃面積。

農委會依受災地區狀況概估埋沒或流失農地需辦理重劃約1125公頃，分別為高雄縣旗山鎮旗尾區約 300公頃、屏東縣高樹鄉舊寮區約 500公頃、佳冬鄉大同區約200 公頃及台東縣太麻里鄉泰德區約125公頃。

但農委會重申，實際執行重劃面積，須經縣府徵求農民意願、經濟部水利署劃定堤線，確定重劃區域，辦理規劃審定後才可確定；經費將由農委會籌措，並優先補助辦理。

協助農民復耕方面，農委會說，將採原株復育及重新種植 2種方式；補助項目包括有機質肥料、清園、整枝清理費、種苗等費用。